V druhém roce navazující magisterského studia se studenti zabývají převážně svou diplomovou prací, jejíž hlavní částí je vždy náročný a komplexní restaurátorský zásah. Tento zásah mívá zpravidla výrazný přesah do oblasti přírodních či humanitních věd, kdy student dostane za úkol se zabývat otázkami, které často nemohou být v praxi pro nedostatek času či financí řešeny. Tyto otázky se týkají technik restaurování či technologie malby nebo širšího umělecko-historického kontextu restaurovaného díla. Podmínkou pro úspěšnou realizaci úkolu je mezioborová spolupráce diplomanta s předními odborníky z příbuzných odvětví.